Chùa đã được nhiều lần tu sửa, trong đó được sửa chữa lớn vào các năm Ất Mão (1855) và Kỷ Tỵ (1869). Trước cổng chùa là ngôi tháp Diệu Quang cao 10 tầng có hình lục lǎng, đây là ngôi tháp xây theo kiểu 1 tòa Cửu Phẩm Liên Hoa và là tòa Tháp Cổ nhất, lai lịch rõ nhất trong nội Đô Hà Nội. Có hai hồ rộng ở hai bên cổng chùa. Trong chùa, có một sân rộng, nhà bái đường và khu tam bảo là nơi thờ Phật. Nhà tổ cách khu tam bảo một sân nhỏ. Ngoài ra, chùa còn có nhà bia với 34 tấm bia ghi sự tích và lịch sử của chùa cũng như tên những người đóng góp công đức.

Phía sau chùa là khu vườn tháp với 9 ngôi tháp xây thành 3 hàng trên một gò đất cao lần lượt có 2, 5 và 2 ngôi tháp. Ở hàng giữa có tháp Cửu Sinh xây bằng đá - đây là ngôi tháp cổ nhất trong nội thành Hà Nội. Khoảng năm 1890, người ta còn xây dựng một ngọn tháp cao 9 tầng có kiến trúc rất đẹp trong chùa.

Ngoài tượng Phật, trong chùa còn có tượng Lân Giác Thượng Sĩ và một quả chuông có khắc chữ "Liên Tông tục diện" (có nghĩa "Liên Tông kế tục sáng ngời").